Le commissioni su Booking.com sono generalmente pagate dai proprietari delle strutture ricettive che utilizzano la piattaforma per ricevere prenotazioni. Questo significa che gli hotel, gli appartamenti vacanze, i B&B e altri tipi di alloggi registrano le loro stanze o unità su Booking.com e concordano di pagare una percentuale del prezzo della camera come commissione per ogni prenotazione effettuata tramite il sito. La commissione varia a seconda di fattori come la posizione della struttura, il tipo di alloggio e le condizioni stabilite con Booking.com. Per i clienti che prenotano tramite la piattaforma, di solito non ci sono costi aggiuntivi espliciti per il servizio di prenotazione; i prezzi mostrati includono già la commissione che la struttura deve a Booking.com.